Heute wird das Wilhelmium von verschiedenen Behörden genutzt. So hat zum Beispiel das Landesamt für Statistik und Datenverarbeitung ihren Sitz in der alten Akademie. Das Jesuitenkollege besitzt dort heute noch Unterkünfte für etwa zehn Priester. Eigentümer der Alten Akademie ist der Freistaat Bayern. Verwaltet wird sie vom bayrischen Staatsministerium für Finanzen.
Die Zukunft des Gebäudes ist heute noch nicht geklärt. Es gibt Gerüchte, nach denen das Gebäude verkauft werden soll oder aber seine Nutzung geändert werden soll. Dies könnte jedoch an den großen Auflagen der Behörden scheitern, die sich um das unter Denkmalschutz stehende Gebäude kümmern. Die Alte Akademie mit ihren vielen Innenhöfen, zum Beispiel dem Zierhof, dem Klosterhof oder dem Schmuckhof ist für Interessierte der damaligen Baukunst ein Schmuckstück, das man sich auf jeden Fall ansehen sollte, wenn man einmal in München zu Besuch ist.
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